Nitrate NO₃^- có nguồn gốc chính từ phân bón và sản phẩm ôxy hóa của quá trình phân hủy chất thải của con nuôi, thức ăn thừa, cây cỏ... Nồng độ Nitrat 886 mg/l không ảnh hưởng đến sinh trưởng của tôm sau 3 – 5 tuần sống ở nồng độ trên, do vậy thường không cần kiểm tra nitrat.Tuy nhiên khi nồng độ nitrat quá cao thì sẽ dẫn đến hiện tượng phú dưỡng, kích thích tảo phát triển quá mạnh, cũng không lợi cho con nuôi. Ngoài ra, nếu thiếu ôxy, nitrat sẽ bị khử về nitrit, cũng bất lợi cho con nuôi.

Nitrite NO^₂- hình thành từ chất thải của con nuôi, sự phân hủy thức ăn thừa, cây cỏ và động vật thối rữa, từ nitrat và amoniac. Nitrit đi vào cơ thể động vật thủy sinh qua mang, và các vết sước lở, rồi tác dụng với máu, cẩn trở sự hấp thụ ôxy của cơ thể cơ thể. Các loài cá nước ngọt, đặc biệt là cá da trơn rất nhạy cảm với nitrit ngay ở nồng độ dưới 0,1 mg/l. Nitrite làm giảm sức đề kháng của tôm. Nồng độ nitrite trong đầm tôm không được vượt ngưỡng 0,25 mg/l.

Với tôm cần kiểm tra nồng độ nitrit hai tuần một lần trong tháng đầu, một tuần một lần ở tháng thứ hai và ba ngày một lần sau đó. Với cá thì cần kiểm tra nồng độ nitrit ba ngày một lần trong tháng đầu và mỗi ngày từ tháng thứ hai trở đi.

Cần thường xuyên hút bỏ chất thải và thức ăn thừa.Thay nước kịp thời song song với xử lý vi sinh, gia tăng quạt nước khi nồng độ nitrit tăng cao.